Sektor Perikanan merupakan salah satu faktor yang dapat dijadikan sebagai sumber pertumbuhan Kabupaten Natuna, alasannya karena :

1. Permintaan serta kapasitas suplai produk perikanan di nilai sangat besar;
2. Sektor ini dapat menyerap jumlah tenaga kerja yang besar.
3. Dapat menciptakan multiplier effects besar. Dari sisi potensi, Kabupaten Natuna memiliki peluang pemamfaatan sumberdaya ikan (SDI) yang besar, selain itu juga perairan Laut Cina Selatan merupakan salah satu perairan yang dikategorikan belum mengalami over fishing.

Berbagai kendala yang dihadapi dalam pengembangan sektor perikanan ini adalah lemahnya armada perikanan, kualitas SDM, teknologi, prasarana dan pemasaran, yang disebabkan oleh rendahnya pangsa pasar. Dibidang Pemasaran di hadapi kendala dalam hal lemahnya market power, yang disebabkan oleh rendahnya pangsa pasar dan adanya hambatan pasar (cost tinggi, economic of scale rendah, capital cost, requirement rendah, differensiasi produk rendah).

Dalam kurun waktu 1998-2004 terlihat belum adanya perubahan dalam pola penangkapan. Para Nelayan di sekitar perairan Natuna belum memiliki peralatan yang cukup baik untuk mendapatkan ikan-ikan pelagis kecil dan ikan demersal yang berada di tepi perairan. Bahkan Potensi ikan demesal menurun sampai hampir 50% dan produksinya merosot jauh.

Sebagian besar armada penangkap ikan di wilayah Kabupaten Natuna berada di Kepulauan Anambas ( sekitar 43%). Selain memiliki armada yang banyak, nelayan-nelayan di Kepulauan Anambas juga memiliki alat penangkap ikan yang lebih banyak dibanding wilayah-wilayah yang lain (sekitar 53%). Namun anehnya, dari segi produksidan produktifitasnya,nelayan-nelayan di Kepulauan Anambas kalah jauh dibanding di Kepulauan Natuna. Dengan armada dan alat tangkap yang lebih sedikit, nelayan-nelayan di Kepulauan Natuna dapat memproduksi 41.027,90 ton atau sekitar 42% dari total produksi perikanan tangkap di Kabupaten Natuna.

Sedangkan untuk perikanan budidaya, walaupun mencatat hasil paling tinggi (195.20 ton), nelayan-nelayan di KepulauanAnambas bisa dikatakan kurang produktif. dengan jumlah RTP dan Keramba yang jauh lebih sedikit, nelayan-nelayan Kepulauan Natuna lebih produktif.